Compare commits

...

8 Commits

16 changed files with 796 additions and 308 deletions

View File

@@ -2,6 +2,16 @@
[Kaggle Bitcoin Historical Data](https://www.kaggle.com/datasets/mczielinski/bitcoin-historical-data)
Исходные данные хранят информацию по каждой минуте. Чтобы увеличить объём данных
для более наглядной демонстрации эффективности параллельных вычислений
и вычислений на GPU, с помощью линейной интерполяции данные были преобразованы
из данных о каждой минуте в данные о каждых 10 секундах, то есть объём данных увеличился
в 6 раз.
```
python3 upsample.py -i ./data/data.csv -o ./data/data_10s.csv -s 10
```
## Задание
Группируем данные по дням (Timestamp), за каждый день вычисляем среднюю цену
@@ -10,26 +20,6 @@
не менее чем на 10% от даты начала интервала, вместе с минимальными и максимальными
значениями Open и Close за все дни внутри интервала.
## Параллельное чтение данных
Нет смысла параллельно читать данные из NFS, так как в реальности файлы с данными
будут лежать только на NFS сервере. То есть другие узлы лишь отправляют сетевые запросы
на NFS сервер, который уже читает реальные данные с диска и лишь затем отправляет
их другим узлам.
Чтобы этого избежать, нужно на всех машинах скопировать файлы с данными в их реальные
файловые системы. Например в папку `/data`.
```sh
# На каждом узле создаем директорию /data
sudo mkdir /data
sudo chown $USER /data
# Копируем данные
cd /mnt/shared/supercomputers/data
cp data.csv /data/
```
## Сборка
Проект обязательно должен быть расположен в общей директории для всех узлов,

115
benchmark.py Normal file
View File

@@ -0,0 +1,115 @@
"""
Запускает make run <number_of_runs> раз и считает статистику по времени выполнения.
Тупо парсит out.txt и берём значение из строки "Total execution time: <time> sec".
python benchmark.py <number_of_runs>
"""
import os
import re
import sys
import time
import subprocess
import statistics
N = int(sys.argv[1]) if len(sys.argv) > 1 else 10
OUT = "out.txt"
TIME_RE = re.compile(r"Total execution time:\s*([0-9]*\.?[0-9]+)\s*sec")
JOB_RE = re.compile(r"Submitted batch job\s+(\d+)")
APPEAR_TIMEOUT = 300.0 # ждать появления out.txt
FINISH_TIMEOUT = 3600.0 # ждать появления Total execution time (сек)
POLL = 0.2 # частота проверки файла
def wait_for_exists(path: str, timeout: float):
t0 = time.time()
while not os.path.exists(path):
if time.time() - t0 > timeout:
raise TimeoutError(f"{path} did not appear within {timeout} seconds")
time.sleep(POLL)
def try_read(path: str) -> str:
try:
with open(path, "r", encoding="utf-8", errors="replace") as f:
return f.read()
except FileNotFoundError:
return ""
except OSError:
# бывает, что файл на NFS в момент записи недоступен на чтение
return ""
def wait_for_time_line(path: str, timeout: float) -> float:
t0 = time.time()
last_report = 0.0
while True:
txt = try_read(path)
matches = TIME_RE.findall(txt)
if matches:
return float(matches[-1]) # последняя встреченная строка
now = time.time()
if now - t0 > timeout:
tail = txt[-800:] if txt else "<empty>"
raise TimeoutError("Timed out waiting for 'Total execution time' line.\n"
f"Last 800 chars of out.txt:\n{tail}")
# иногда полезно печатать прогресс раз в ~5 сек
if now - last_report > 5.0:
last_report = now
if txt:
# показать последнюю непустую строку
lines = [l for l in txt.splitlines() if l.strip()]
if lines:
print(f" waiting... last line: {lines[-1][:120]}", flush=True)
else:
print(" waiting... (out.txt empty)", flush=True)
else:
print(" waiting... (out.txt not readable yet)", flush=True)
time.sleep(POLL)
times = []
for i in range(N):
print(f"Run {i+1}/{N} ...", flush=True)
# удаляем out.txt перед запуском
try:
os.remove(OUT)
except FileNotFoundError:
pass
# запускаем make run и забираем stdout (там будет Submitted batch job XXX)
res = subprocess.run(["make", "run"], capture_output=True, text=True)
out = (res.stdout or "") + "\n" + (res.stderr or "")
job_id = None
m = JOB_RE.search(out)
if m:
job_id = m.group(1)
print(f" submitted job {job_id}", flush=True)
else:
print(" (job id not detected; will only watch out.txt)", flush=True)
# ждём появления out.txt и появления строки с Total execution time
wait_for_exists(OUT, APPEAR_TIMEOUT)
t = wait_for_time_line(OUT, FINISH_TIMEOUT)
times.append(t)
print(f" time = {t:.3f} sec", flush=True)
# опционально удалить out.txt после парсинга
try:
os.remove(OUT)
except FileNotFoundError:
pass
print("\n=== RESULTS ===")
print(f"Runs: {len(times)}")
print(f"Mean: {statistics.mean(times):.3f} sec")
print(f"Median: {statistics.median(times):.3f} sec")
print(f"Min: {min(times):.3f} sec")
print(f"Max: {max(times):.3f} sec")
if len(times) > 1:
print(f"Stddev: {statistics.stdev(times):.3f} sec")

View File

@@ -6,13 +6,16 @@
#SBATCH --output=out.txt
# Путь к файлу данных (должен существовать на всех узлах)
export DATA_PATH="/mnt/shared/supercomputers/data/data.csv"
export DATA_PATH="/mnt/shared/supercomputers/data/data_10s.csv"
# Доли данных для каждого ранка (сумма определяет пропорции)
export DATA_READ_SHARES="10,12,13,13"
export DATA_READ_SHARES="10,11,13,14"
# Размер перекрытия в байтах для обработки границ строк
export READ_OVERLAP_BYTES=131072
# Интервал агрегации в секундах (60 = минуты, 600 = 10 минут, 86400 = дни)
export AGGREGATION_INTERVAL=60
cd /mnt/shared/supercomputers/build
mpirun -np $SLURM_NTASKS ./bitcoin_app

View File

@@ -1,87 +1,50 @@
#include "aggregation.hpp"
#include "utils.hpp"
#include <map>
#include <algorithm>
#include <limits>
#include <cmath>
std::vector<DayStats> aggregate_days(const std::vector<Record>& records) {
// Группируем записи по дням
std::map<DayIndex, std::vector<const Record*>> day_records;
std::vector<PeriodStats> aggregate_periods(const std::vector<Record>& records) {
int64_t interval = get_aggregation_interval();
struct PeriodAccumulator {
double avg_sum = 0.0;
double open_min = std::numeric_limits<double>::max();
double open_max = std::numeric_limits<double>::lowest();
double close_min = std::numeric_limits<double>::max();
double close_max = std::numeric_limits<double>::lowest();
int64_t count = 0;
};
std::map<PeriodIndex, PeriodAccumulator> periods;
for (const auto& r : records) {
DayIndex day = static_cast<DayIndex>(r.timestamp) / 86400;
day_records[day].push_back(&r);
PeriodIndex period = static_cast<PeriodIndex>(r.timestamp) / interval;
auto& acc = periods[period];
double avg = (r.low + r.high) / 2.0;
acc.avg_sum += avg;
acc.open_min = std::min(acc.open_min, r.open);
acc.open_max = std::max(acc.open_max, r.open);
acc.close_min = std::min(acc.close_min, r.close);
acc.close_max = std::max(acc.close_max, r.close);
acc.count++;
}
std::vector<DayStats> result;
result.reserve(day_records.size());
for (auto& [day, recs] : day_records) {
// Сортируем по timestamp для определения first/last
std::sort(recs.begin(), recs.end(),
[](const Record* a, const Record* b) {
return a->timestamp < b->timestamp;
});
DayStats stats;
stats.day = day;
stats.low = std::numeric_limits<double>::max();
stats.high = std::numeric_limits<double>::lowest();
stats.open = recs.front()->open;
stats.close = recs.back()->close;
stats.first_ts = recs.front()->timestamp;
stats.last_ts = recs.back()->timestamp;
for (const auto* r : recs) {
stats.low = std::min(stats.low, r->low);
stats.high = std::max(stats.high, r->high);
}
stats.avg = (stats.low + stats.high) / 2.0;
std::vector<PeriodStats> result;
result.reserve(periods.size());
for (const auto& [period, acc] : periods) {
PeriodStats stats;
stats.period = period;
stats.avg = acc.avg_sum / static_cast<double>(acc.count);
stats.open_min = acc.open_min;
stats.open_max = acc.open_max;
stats.close_min = acc.close_min;
stats.close_max = acc.close_max;
stats.count = acc.count;
result.push_back(stats);
}
return result;
}
std::vector<DayStats> merge_day_stats(const std::vector<DayStats>& all_stats) {
// Объединяем статистику по одинаковым дням (если такие есть)
std::map<DayIndex, DayStats> merged;
for (const auto& s : all_stats) {
auto it = merged.find(s.day);
if (it == merged.end()) {
merged[s.day] = s;
} else {
// Объединяем данные за один день
auto& m = it->second;
m.low = std::min(m.low, s.low);
m.high = std::max(m.high, s.high);
// open берём от записи с меньшим timestamp
if (s.first_ts < m.first_ts) {
m.open = s.open;
m.first_ts = s.first_ts;
}
// close берём от записи с большим timestamp
if (s.last_ts > m.last_ts) {
m.close = s.close;
m.last_ts = s.last_ts;
}
m.avg = (m.low + m.high) / 2.0;
}
}
// Преобразуем в отсортированный вектор
std::vector<DayStats> result;
result.reserve(merged.size());
for (auto& [day, stats] : merged) {
result.push_back(stats);
}
return result;
}

View File

@@ -1,14 +1,8 @@
#pragma once
#include "record.hpp"
#include "day_stats.hpp"
#include "period_stats.hpp"
#include <vector>
#include <map>
// Агрегация записей по дням на одном узле
std::vector<DayStats> aggregate_days(const std::vector<Record>& records);
// Объединение агрегированных данных с разных узлов
// (на случай если один день попал на разные узлы - но в нашей схеме это не должно случиться)
std::vector<DayStats> merge_day_stats(const std::vector<DayStats>& all_stats);
// Агрегация записей по периодам на одном узле
std::vector<PeriodStats> aggregate_periods(const std::vector<Record>& records);

View File

@@ -1,28 +0,0 @@
#pragma once
#include <cstdint>
using DayIndex = long long;
// Агрегированные данные за один день
struct DayStats {
DayIndex day; // индекс дня (timestamp / 86400)
double low; // минимальный Low за день
double high; // максимальный High за день
double open; // первый Open за день
double close; // последний Close за день
double avg; // среднее = (low + high) / 2
double first_ts; // timestamp первой записи (для определения порядка open)
double last_ts; // timestamp последней записи (для определения close)
};
// Интервал с изменением >= 10%
struct Interval {
DayIndex start_day;
DayIndex end_day;
double min_open;
double max_close;
double start_avg;
double end_avg;
double change;
};

View File

@@ -1,4 +1,5 @@
#include "gpu_loader.hpp"
#include "utils.hpp"
#include <dlfcn.h>
#include <map>
#include <algorithm>
@@ -29,58 +30,54 @@ bool gpu_is_available() {
return false;
}
gpu_aggregate_days_fn load_gpu_aggregate_days() {
gpu_aggregate_periods_fn load_gpu_aggregate_periods() {
void* h = get_gpu_lib_handle();
if (!h) return nullptr;
auto fn = (gpu_aggregate_days_fn)dlsym(h, "gpu_aggregate_days");
auto fn = (gpu_aggregate_periods_fn)dlsym(h, "gpu_aggregate_periods");
return fn;
}
bool aggregate_days_gpu(
bool aggregate_periods_gpu(
const std::vector<Record>& records,
std::vector<DayStats>& out_stats,
gpu_aggregate_days_fn gpu_fn)
std::vector<PeriodStats>& out_stats,
gpu_aggregate_periods_fn gpu_fn)
{
if (!gpu_fn || records.empty()) {
return false;
}
// Общий таймер всей функции
double t_total_start = omp_get_wtime();
int64_t interval = get_aggregation_interval();
// Таймер CPU preprocessing
double t_total_start = omp_get_wtime();
double t_preprocess_start = omp_get_wtime();
// Группируем записи по дням и подготавливаем данные для GPU
std::map<DayIndex, std::vector<size_t>> day_record_indices;
std::map<PeriodIndex, std::vector<size_t>> period_record_indices;
for (size_t i = 0; i < records.size(); i++) {
DayIndex day = static_cast<DayIndex>(records[i].timestamp) / 86400;
day_record_indices[day].push_back(i);
PeriodIndex period = static_cast<PeriodIndex>(records[i].timestamp) / interval;
period_record_indices[period].push_back(i);
}
int num_days = static_cast<int>(day_record_indices.size());
int num_periods = static_cast<int>(period_record_indices.size());
// Подготавливаем массивы для GPU
std::vector<GpuRecord> gpu_records;
std::vector<int> day_offsets;
std::vector<int> day_counts;
std::vector<long long> day_indices;
std::vector<int> period_offsets;
std::vector<int> period_counts;
std::vector<long long> period_indices;
gpu_records.reserve(records.size());
day_offsets.reserve(num_days);
day_counts.reserve(num_days);
day_indices.reserve(num_days);
period_offsets.reserve(num_periods);
period_counts.reserve(num_periods);
period_indices.reserve(num_periods);
int current_offset = 0;
for (auto& [day, indices] : day_record_indices) {
day_indices.push_back(day);
day_offsets.push_back(current_offset);
day_counts.push_back(static_cast<int>(indices.size()));
for (auto& [period, indices] : period_record_indices) {
period_indices.push_back(period);
period_offsets.push_back(current_offset);
period_counts.push_back(static_cast<int>(indices.size()));
// Добавляем записи этого дня
for (size_t idx : indices) {
const auto& r = records[idx];
GpuRecord gr;
@@ -96,22 +93,19 @@ bool aggregate_days_gpu(
current_offset += static_cast<int>(indices.size());
}
// Выделяем память для результата
std::vector<GpuDayStats> gpu_stats(num_days);
std::vector<GpuPeriodStats> gpu_stats(num_periods);
double t_preprocess_ms = (omp_get_wtime() - t_preprocess_start) * 1000.0;
std::cout << " GPU CPU preprocessing: " << std::fixed << std::setprecision(3)
<< std::setw(7) << t_preprocess_ms << " ms" << std::endl << std::flush;
// Вызываем GPU функцию (включает: malloc, memcpy H->D, kernel, memcpy D->H, free)
// Детальные тайминги выводятся внутри GPU функции
int result = gpu_fn(
gpu_records.data(),
static_cast<int>(gpu_records.size()),
day_offsets.data(),
day_counts.data(),
day_indices.data(),
num_days,
period_offsets.data(),
period_counts.data(),
period_indices.data(),
num_periods,
gpu_stats.data()
);
@@ -120,24 +114,21 @@ bool aggregate_days_gpu(
return false;
}
// Конвертируем результат в DayStats
out_stats.clear();
out_stats.reserve(num_days);
out_stats.reserve(num_periods);
for (const auto& gs : gpu_stats) {
DayStats ds;
ds.day = gs.day;
ds.low = gs.low;
ds.high = gs.high;
ds.open = gs.open;
ds.close = gs.close;
ds.avg = gs.avg;
ds.first_ts = gs.first_ts;
ds.last_ts = gs.last_ts;
out_stats.push_back(ds);
PeriodStats ps;
ps.period = gs.period;
ps.avg = gs.avg;
ps.open_min = gs.open_min;
ps.open_max = gs.open_max;
ps.close_min = gs.close_min;
ps.close_max = gs.close_max;
ps.count = gs.count;
out_stats.push_back(ps);
}
// Общее время всей GPU функции (включая preprocessing)
double t_total_ms = (omp_get_wtime() - t_total_start) * 1000.0;
std::cout << " GPU TOTAL (with prep): " << std::fixed << std::setprecision(3)
<< std::setw(7) << t_total_ms << " ms" << std::endl << std::flush;

View File

@@ -1,5 +1,5 @@
#pragma once
#include "day_stats.hpp"
#include "period_stats.hpp"
#include "record.hpp"
#include <vector>
@@ -18,34 +18,33 @@ struct GpuRecord {
double volume;
};
struct GpuDayStats {
long long day;
double low;
double high;
double open;
double close;
struct GpuPeriodStats {
long long period;
double avg;
double first_ts;
double last_ts;
double open_min;
double open_max;
double close_min;
double close_max;
long long count;
};
using gpu_aggregate_days_fn = int (*)(
using gpu_aggregate_periods_fn = int (*)(
const GpuRecord* h_records,
int num_records,
const int* h_day_offsets,
const int* h_day_counts,
const long long* h_day_indices,
int num_days,
GpuDayStats* h_out_stats
const int* h_period_offsets,
const int* h_period_counts,
const long long* h_period_indices,
int num_periods,
GpuPeriodStats* h_out_stats
);
// Загрузка функций из плагина
gpu_is_available_fn load_gpu_is_available();
gpu_aggregate_days_fn load_gpu_aggregate_days();
gpu_aggregate_periods_fn load_gpu_aggregate_periods();
// Обёртка для агрегации на GPU (возвращает true если успешно)
bool aggregate_days_gpu(
bool aggregate_periods_gpu(
const std::vector<Record>& records,
std::vector<DayStats>& out_stats,
gpu_aggregate_days_fn gpu_fn
std::vector<PeriodStats>& out_stats,
gpu_aggregate_periods_fn gpu_fn
);

View File

@@ -23,13 +23,12 @@ struct GpuRecord {
struct GpuDayStats {
long long day;
double low;
double high;
double open;
double close;
double avg;
double first_ts;
double last_ts;
double open_min;
double open_max;
double close_min;
double close_max;
long long count;
};
extern "C" int gpu_is_available() {
@@ -63,32 +62,30 @@ __global__ void aggregate_kernel(
GpuDayStats stats;
stats.day = day_indices[d];
stats.low = DBL_MAX;
stats.high = -DBL_MAX;
stats.first_ts = DBL_MAX;
stats.last_ts = -DBL_MAX;
stats.open = 0;
stats.close = 0;
stats.open_min = DBL_MAX;
stats.open_max = -DBL_MAX;
stats.close_min = DBL_MAX;
stats.close_max = -DBL_MAX;
stats.count = count;
double avg_sum = 0.0;
for (int i = 0; i < count; i++) {
const GpuRecord& r = records[offset + i];
// min/max
if (r.low < stats.low) stats.low = r.low;
if (r.high > stats.high) stats.high = r.high;
// Accumulate avg = (low + high) / 2
avg_sum += (r.low + r.high) / 2.0;
// first/last по timestamp
if (r.timestamp < stats.first_ts) {
stats.first_ts = r.timestamp;
stats.open = r.open;
}
if (r.timestamp > stats.last_ts) {
stats.last_ts = r.timestamp;
stats.close = r.close;
}
// min/max Open
if (r.open < stats.open_min) stats.open_min = r.open;
if (r.open > stats.open_max) stats.open_max = r.open;
// min/max Close
if (r.close < stats.close_min) stats.close_min = r.close;
if (r.close > stats.close_max) stats.close_max = r.close;
}
stats.avg = (stats.low + stats.high) / 2.0;
stats.avg = avg_sum / static_cast<double>(count);
out_stats[d] = stats;
}

View File

@@ -1,65 +1,301 @@
#include "intervals.hpp"
#include "utils.hpp"
#include <mpi.h>
#include <algorithm>
#include <cmath>
#include <fstream>
#include <iomanip>
#include <sstream>
#include <ctime>
#include <limits>
std::vector<Interval> find_intervals(const std::vector<DayStats>& days, double threshold) {
if (days.empty()) {
return {};
// Вспомогательная структура для накопления min/max в интервале
struct IntervalAccumulator {
PeriodIndex start_period;
double start_avg;
double open_min;
double open_max;
double close_min;
double close_max;
void init(const PeriodStats& p) {
start_period = p.period;
start_avg = p.avg;
open_min = p.open_min;
open_max = p.open_max;
close_min = p.close_min;
close_max = p.close_max;
}
std::vector<Interval> intervals;
void update(const PeriodStats& p) {
open_min = std::min(open_min, p.open_min);
open_max = std::max(open_max, p.open_max);
close_min = std::min(close_min, p.close_min);
close_max = std::max(close_max, p.close_max);
}
Interval finalize(const PeriodStats& end_period, double change) const {
Interval iv;
iv.start_period = start_period;
iv.end_period = end_period.period;
iv.start_avg = start_avg;
iv.end_avg = end_period.avg;
iv.change = change;
iv.open_min = std::min(open_min, end_period.open_min);
iv.open_max = std::max(open_max, end_period.open_max);
iv.close_min = std::min(close_min, end_period.close_min);
iv.close_max = std::max(close_max, end_period.close_max);
return iv;
}
};
// Упакованная структура PeriodStats для MPI передачи (8 doubles)
struct PackedPeriodStats {
double period; // PeriodIndex as double
double avg;
double open_min;
double open_max;
double close_min;
double close_max;
double count; // int64_t as double
double valid; // флаг валидности (1.0 = valid, 0.0 = invalid)
void pack(const PeriodStats& ps) {
period = static_cast<double>(ps.period);
avg = ps.avg;
open_min = ps.open_min;
open_max = ps.open_max;
close_min = ps.close_min;
close_max = ps.close_max;
count = static_cast<double>(ps.count);
valid = 1.0;
}
PeriodStats unpack() const {
PeriodStats ps;
ps.period = static_cast<PeriodIndex>(period);
ps.avg = avg;
ps.open_min = open_min;
ps.open_max = open_max;
ps.close_min = close_min;
ps.close_max = close_max;
ps.count = static_cast<int64_t>(count);
return ps;
}
bool is_valid() const { return valid > 0.5; }
void set_invalid() { valid = 0.0; }
};
IntervalResult find_intervals_parallel(
const std::vector<PeriodStats>& periods,
int rank, int size,
double threshold)
{
IntervalResult result;
result.compute_time = 0.0;
result.wait_time = 0.0;
if (periods.empty()) {
if (rank < size - 1) {
PackedPeriodStats invalid;
invalid.set_invalid();
MPI_Send(&invalid, 8, MPI_DOUBLE, rank + 1, 0, MPI_COMM_WORLD);
}
return result;
}
double compute_start = MPI_Wtime();
size_t process_until = (rank == size - 1) ? periods.size() : periods.size() - 1;
IntervalAccumulator acc;
size_t start_idx = 0;
double price_base = days[start_idx].avg;
bool have_pending_interval = false;
for (size_t i = 1; i < days.size(); i++) {
double price_now = days[i].avg;
double change = std::abs(price_now - price_base) / price_base;
if (rank > 0) {
double wait_start = MPI_Wtime();
if (change >= threshold) {
Interval interval;
interval.start_day = days[start_idx].day;
interval.end_day = days[i].day;
interval.start_avg = price_base;
interval.end_avg = price_now;
interval.change = change;
PackedPeriodStats received;
MPI_Recv(&received, 8, MPI_DOUBLE, rank - 1, 0, MPI_COMM_WORLD, MPI_STATUS_IGNORE);
// Находим min(Open) и max(Close) в интервале
interval.min_open = days[start_idx].open;
interval.max_close = days[start_idx].close;
result.wait_time = MPI_Wtime() - wait_start;
compute_start = MPI_Wtime();
for (size_t j = start_idx; j <= i; j++) {
interval.min_open = std::min(interval.min_open, days[j].open);
interval.max_close = std::max(interval.max_close, days[j].close);
}
if (received.is_valid()) {
PeriodStats prev_period = received.unpack();
intervals.push_back(interval);
// Начинаем новый интервал
start_idx = i + 1;
if (start_idx >= days.size()) {
for (start_idx = 0; start_idx < periods.size(); start_idx++) {
if (periods[start_idx].period > prev_period.period) {
break;
}
price_base = days[start_idx].avg;
}
if (start_idx < process_until) {
acc.init(prev_period);
have_pending_interval = true;
for (size_t i = start_idx; i < process_until; i++) {
acc.update(periods[i]);
double change = std::abs(periods[i].avg - acc.start_avg) / acc.start_avg;
if (change >= threshold) {
result.intervals.push_back(acc.finalize(periods[i], change));
have_pending_interval = false;
start_idx = i + 1;
if (start_idx < process_until) {
acc.init(periods[start_idx]);
have_pending_interval = true;
}
}
}
}
} else {
if (process_until > 0) {
acc.init(periods[0]);
have_pending_interval = true;
start_idx = 0;
}
}
} else {
if (process_until > 0) {
acc.init(periods[0]);
have_pending_interval = true;
start_idx = 0;
}
}
return intervals;
if (rank == 0 && have_pending_interval) {
for (size_t i = 1; i < process_until; i++) {
acc.update(periods[i]);
double change = std::abs(periods[i].avg - acc.start_avg) / acc.start_avg;
if (change >= threshold) {
result.intervals.push_back(acc.finalize(periods[i], change));
have_pending_interval = false;
start_idx = i + 1;
if (start_idx < process_until) {
acc.init(periods[start_idx]);
have_pending_interval = true;
}
}
}
}
if (rank == size - 1 && have_pending_interval && !periods.empty()) {
const auto& last_period = periods.back();
double change = std::abs(last_period.avg - acc.start_avg) / acc.start_avg;
result.intervals.push_back(acc.finalize(last_period, change));
}
result.compute_time = MPI_Wtime() - compute_start;
if (rank < size - 1) {
PackedPeriodStats to_send;
if (have_pending_interval) {
PeriodStats start_period;
start_period.period = acc.start_period;
start_period.avg = acc.start_avg;
start_period.open_min = acc.open_min;
start_period.open_max = acc.open_max;
start_period.close_min = acc.close_min;
start_period.close_max = acc.close_max;
start_period.count = 0;
to_send.pack(start_period);
} else if (periods.size() >= 2) {
to_send.pack(periods[periods.size() - 2]);
} else {
to_send.set_invalid();
}
MPI_Send(&to_send, 8, MPI_DOUBLE, rank + 1, 0, MPI_COMM_WORLD);
}
return result;
}
std::string day_index_to_date(DayIndex day) {
time_t ts = static_cast<time_t>(day) * 86400;
double collect_intervals(
std::vector<Interval>& local_intervals,
int rank, int size)
{
double wait_time = 0.0;
if (rank == 0) {
for (int r = 1; r < size; r++) {
double wait_start = MPI_Wtime();
int count;
MPI_Recv(&count, 1, MPI_INT, r, 1, MPI_COMM_WORLD, MPI_STATUS_IGNORE);
if (count > 0) {
std::vector<double> buffer(count * 9);
MPI_Recv(buffer.data(), count * 9, MPI_DOUBLE, r, 2, MPI_COMM_WORLD, MPI_STATUS_IGNORE);
for (int i = 0; i < count; i++) {
Interval iv;
iv.start_period = static_cast<PeriodIndex>(buffer[i * 9 + 0]);
iv.end_period = static_cast<PeriodIndex>(buffer[i * 9 + 1]);
iv.open_min = buffer[i * 9 + 2];
iv.open_max = buffer[i * 9 + 3];
iv.close_min = buffer[i * 9 + 4];
iv.close_max = buffer[i * 9 + 5];
iv.start_avg = buffer[i * 9 + 6];
iv.end_avg = buffer[i * 9 + 7];
iv.change = buffer[i * 9 + 8];
local_intervals.push_back(iv);
}
}
wait_time += MPI_Wtime() - wait_start;
}
std::sort(local_intervals.begin(), local_intervals.end(),
[](const Interval& a, const Interval& b) {
return a.start_period < b.start_period;
});
} else {
int count = static_cast<int>(local_intervals.size());
MPI_Send(&count, 1, MPI_INT, 0, 1, MPI_COMM_WORLD);
if (count > 0) {
std::vector<double> buffer(count * 9);
for (int i = 0; i < count; i++) {
const auto& iv = local_intervals[i];
buffer[i * 9 + 0] = static_cast<double>(iv.start_period);
buffer[i * 9 + 1] = static_cast<double>(iv.end_period);
buffer[i * 9 + 2] = iv.open_min;
buffer[i * 9 + 3] = iv.open_max;
buffer[i * 9 + 4] = iv.close_min;
buffer[i * 9 + 5] = iv.close_max;
buffer[i * 9 + 6] = iv.start_avg;
buffer[i * 9 + 7] = iv.end_avg;
buffer[i * 9 + 8] = iv.change;
}
MPI_Send(buffer.data(), count * 9, MPI_DOUBLE, 0, 2, MPI_COMM_WORLD);
}
}
return wait_time;
}
std::string period_index_to_datetime(PeriodIndex period) {
int64_t interval = get_aggregation_interval();
time_t ts = static_cast<time_t>(period) * interval;
struct tm* tm_info = gmtime(&ts);
std::ostringstream oss;
oss << std::setfill('0')
<< (tm_info->tm_year + 1900) << "-"
<< std::setw(2) << (tm_info->tm_mon + 1) << "-"
<< std::setw(2) << tm_info->tm_mday;
<< std::setw(2) << tm_info->tm_mday << " "
<< std::setw(2) << tm_info->tm_hour << ":"
<< std::setw(2) << tm_info->tm_min << ":"
<< std::setw(2) << tm_info->tm_sec;
return oss.str();
}
@@ -68,16 +304,17 @@ void write_intervals(const std::string& filename, const std::vector<Interval>& i
std::ofstream out(filename);
out << std::fixed << std::setprecision(2);
out << "start_date,end_date,min_open,max_close,start_avg,end_avg,change\n";
out << "start_datetime,end_datetime,open_min,open_max,close_min,close_max,start_avg,end_avg,change\n";
for (const auto& iv : intervals) {
out << day_index_to_date(iv.start_day) << ","
<< day_index_to_date(iv.end_day) << ","
<< iv.min_open << ","
<< iv.max_close << ","
out << period_index_to_datetime(iv.start_period) << ","
<< period_index_to_datetime(iv.end_period) << ","
<< iv.open_min << ","
<< iv.open_max << ","
<< iv.close_min << ","
<< iv.close_max << ","
<< iv.start_avg << ","
<< iv.end_avg << ","
<< std::setprecision(6) << iv.change << "\n";
}
}

View File

@@ -1,15 +1,44 @@
#pragma once
#include "day_stats.hpp"
#include "period_stats.hpp"
#include <vector>
#include <string>
// Вычисление интервалов с изменением >= threshold (по умолчанию 10%)
std::vector<Interval> find_intervals(const std::vector<DayStats>& days, double threshold = 0.10);
// Интервал с изменением >= threshold
struct Interval {
PeriodIndex start_period;
PeriodIndex end_period;
double open_min;
double open_max;
double close_min;
double close_max;
double start_avg;
double end_avg;
double change;
};
// Результат параллельного построения интервалов
struct IntervalResult {
std::vector<Interval> intervals;
double compute_time; // время вычислений
double wait_time; // время ожидания данных от предыдущего ранка
};
// Параллельное построение интервалов с использованием MPI
IntervalResult find_intervals_parallel(
const std::vector<PeriodStats>& periods,
int rank, int size,
double threshold = 0.10
);
// Сбор интервалов со всех ранков на ранк 0
double collect_intervals(
std::vector<Interval>& local_intervals,
int rank, int size
);
// Вывод интервалов в файл
void write_intervals(const std::string& filename, const std::vector<Interval>& intervals);
// Преобразование DayIndex в строку даты (YYYY-MM-DD)
std::string day_index_to_date(DayIndex day);
// Преобразование PeriodIndex в строку даты/времени
std::string period_index_to_datetime(PeriodIndex period);

View File

@@ -4,29 +4,89 @@
#include <iomanip>
#include "csv_loader.hpp"
#include "utils.hpp"
#include "record.hpp"
#include "period_stats.hpp"
#include "aggregation.hpp"
#include "intervals.hpp"
#include "utils.hpp"
int main(int argc, char** argv) {
MPI_Init(&argc, &argv);
double total_start = MPI_Wtime();
int rank, size;
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size);
// Параллельное чтение данных
double start_time = MPI_Wtime();
double read_start = MPI_Wtime();
std::vector<Record> records = load_csv_parallel(rank, size);
double end_time = MPI_Wtime();
double read_time = end_time - start_time;
double read_time = MPI_Wtime() - read_start;
std::cout << "Rank " << rank
<< ": read " << records.size() << " records"
<< " in " << std::fixed << std::setprecision(3) << read_time << " sec"
<< std::endl;
// Агрегация по периодам
double agg_start = MPI_Wtime();
std::vector<PeriodStats> periods = aggregate_periods(records);
double agg_time = MPI_Wtime() - agg_start;
std::cout << "Rank " << rank
<< ": aggregated " << periods.size() << " periods"
<< " [" << (periods.empty() ? 0 : periods.front().period)
<< ".." << (periods.empty() ? 0 : periods.back().period) << "]"
<< " in " << std::fixed << std::setprecision(3) << agg_time << " sec"
<< std::endl;
// Удаляем крайние периоды (могут быть неполными из-за параллельного чтения)
trim_edge_periods(periods, rank, size);
std::cout << "Rank " << rank
<< ": after trim " << periods.size() << " periods"
<< " [" << (periods.empty() ? 0 : periods.front().period)
<< ".." << (periods.empty() ? 0 : periods.back().period) << "]"
<< std::endl;
// Параллельное построение интервалов
IntervalResult iv_result = find_intervals_parallel(periods, rank, size);
std::cout << "Rank " << rank
<< ": found " << iv_result.intervals.size() << " intervals"
<< ", compute " << std::fixed << std::setprecision(6) << iv_result.compute_time << " sec"
<< ", wait " << iv_result.wait_time << " sec"
<< std::endl;
// Сбор интервалов на ранке 0
double collect_wait = collect_intervals(iv_result.intervals, rank, size);
if (rank == 0) {
std::cout << "Rank 0: collected " << iv_result.intervals.size() << " total intervals"
<< ", wait " << std::fixed << std::setprecision(3) << collect_wait << " sec"
<< std::endl;
}
// Запись результатов в файл (только ранк 0)
if (rank == 0) {
double write_start = MPI_Wtime();
write_intervals("result.csv", iv_result.intervals);
double write_time = MPI_Wtime() - write_start;
std::cout << "Rank 0: wrote result.csv"
<< " in " << std::fixed << std::setprecision(3) << write_time << " sec"
<< std::endl;
}
// Вывод общего времени выполнения
MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);
double total_time = MPI_Wtime() - total_start;
if (rank == 0) {
std::cout << "Total execution time: "
<< std::fixed << std::setprecision(3)
<< total_time << " sec" << std::endl;
}
MPI_Finalize();
return 0;
}

15
src/period_stats.hpp Normal file
View File

@@ -0,0 +1,15 @@
#pragma once
#include <cstdint>
using PeriodIndex = int64_t;
// Агрегированные данные за один период
struct PeriodStats {
PeriodIndex period; // индекс периода (timestamp / AGGREGATION_INTERVAL)
double avg; // среднее значение (Low + High) / 2 по всем записям
double open_min; // минимальный Open за период
double open_max; // максимальный Open за период
double close_min; // минимальный Close за период
double close_max; // максимальный Close за период
int64_t count; // количество записей, по которым агрегировали
};

View File

@@ -4,29 +4,6 @@
#include <stdexcept>
#include <numeric>
std::map<DayIndex, std::vector<Record>> group_by_day(const std::vector<Record>& recs) {
std::map<DayIndex, std::vector<Record>> days;
for (const auto& r : recs) {
DayIndex day = static_cast<DayIndex>(r.timestamp) / 86400;
days[day].push_back(r);
}
return days;
}
std::vector<std::vector<DayIndex>> split_days(const std::map<DayIndex, std::vector<Record>>& days, int parts) {
std::vector<std::vector<DayIndex>> out(parts);
int i = 0;
for (auto& kv : days) {
out[i % parts].push_back(kv.first);
i++;
}
return out;
}
int get_num_cpu_threads() {
const char* env_threads = std::getenv("NUM_CPU_THREADS");
int num_cpu_threads = 1;
@@ -63,6 +40,10 @@ int64_t get_read_overlap_bytes() {
return std::stoll(get_env("READ_OVERLAP_BYTES"));
}
int64_t get_aggregation_interval() {
return std::stoll(get_env("AGGREGATION_INTERVAL"));
}
int64_t get_file_size(const std::string& path) {
std::ifstream file(path, std::ios::binary | std::ios::ate);
if (!file.is_open()) {
@@ -73,7 +54,6 @@ int64_t get_file_size(const std::string& path) {
ByteRange calculate_byte_range(int rank, int size, int64_t file_size,
const std::vector<int>& shares, int64_t overlap_bytes) {
// Если shares пустой или не соответствует size, используем равные доли
std::vector<int> effective_shares;
if (shares.size() == static_cast<size_t>(size)) {
effective_shares = shares;
@@ -82,8 +62,6 @@ ByteRange calculate_byte_range(int rank, int size, int64_t file_size,
}
int total_shares = std::accumulate(effective_shares.begin(), effective_shares.end(), 0);
// Вычисляем базовые границы для каждого ранка
int64_t bytes_per_share = file_size / total_shares;
int64_t base_start = 0;
@@ -93,22 +71,31 @@ ByteRange calculate_byte_range(int rank, int size, int64_t file_size,
int64_t base_end = base_start + bytes_per_share * effective_shares[rank];
// Применяем overlap
ByteRange range;
if (rank == 0) {
// Первый ранк: начинаем с 0, добавляем overlap в конце
range.start = 0;
range.end = std::min(base_end + overlap_bytes, file_size);
} else if (rank == size - 1) {
// Последний ранк: вычитаем overlap в начале, читаем до конца файла
range.start = std::max(base_start - overlap_bytes, static_cast<int64_t>(0));
range.end = file_size;
} else {
// Промежуточные ранки: overlap с обеих сторон
range.start = std::max(base_start - overlap_bytes, static_cast<int64_t>(0));
range.end = std::min(base_end + overlap_bytes, file_size);
}
return range;
}
void trim_edge_periods(std::vector<PeriodStats>& periods, int rank, int size) {
if (periods.empty()) return;
if (rank == 0) {
periods.pop_back();
} else if (rank == size - 1) {
periods.erase(periods.begin());
} else {
periods.pop_back();
periods.erase(periods.begin());
}
}

View File

@@ -1,22 +1,19 @@
#pragma once
#include "record.hpp"
#include "day_stats.hpp"
#include "period_stats.hpp"
#include <map>
#include <vector>
#include <string>
#include <cstdlib>
#include <cstdint>
// Группировка записей по дням
std::map<DayIndex, std::vector<Record>> group_by_day(const std::vector<Record>& recs);
std::vector<std::vector<DayIndex>> split_days(const std::map<DayIndex, std::vector<Record>>& days, int parts);
// Чтение переменных окружения
int get_num_cpu_threads();
std::string get_data_path();
std::vector<int> get_data_read_shares();
int64_t get_read_overlap_bytes();
int64_t get_aggregation_interval();
// Структура для хранения диапазона байт для чтения
struct ByteRange {
@@ -30,3 +27,6 @@ ByteRange calculate_byte_range(int rank, int size, int64_t file_size,
// Получение размера файла
int64_t get_file_size(const std::string& path);
// Удаляет крайние периоды, которые могут быть неполными из-за параллельного чтения
void trim_edge_periods(std::vector<PeriodStats>& periods, int rank, int size);

136
upsample.py Normal file
View File

@@ -0,0 +1,136 @@
#!/usr/bin/env python3
import argparse
import sys
import time
def parse_row(line: str):
# Timestamp,Open,High,Low,Close,Volume
ts, o, h, l, c, v = line.split(',')
return int(float(ts)), float(o), float(h), float(l), float(c), float(v)
def fmt_row(ts, o, h, l, c, v):
return f"{ts},{o:.2f},{h:.2f},{l:.2f},{c:.2f},{v:.8f}\n"
def count_lines_fast(path: str) -> int:
with open(path, "rb") as f:
return sum(1 for _ in f) - 1 # минус header
def main(inp, out, step, flush_every):
# считаем количество строк для прогресса
total_lines = count_lines_fast(inp)
print(f"Total input rows: {total_lines:,}", file=sys.stderr)
start_time = time.time()
processed = 0
last_report = start_time
with open(inp, "r", buffering=8 * 1024 * 1024) as fin, \
open(out, "w", buffering=8 * 1024 * 1024) as fout:
fin.readline() # пропускаем header
fout.write("Timestamp,Open,High,Low,Close,Volume\n")
first = fin.readline()
if not first:
return
prev = parse_row(first.strip())
out_buf = []
out_rows = 0
for line in fin:
line = line.strip()
if not line:
continue
cur = parse_row(line)
t1, o1, h1, l1, c1, v1 = prev
t2, o2, h2, l2, c2, v2 = cur
dt = t2 - t1
steps = dt // step
if steps > 0:
do = o2 - o1
dh = h2 - h1
dl = l2 - l1
dc = c2 - c1
dv = v2 - v1
inv = 1.0 / steps
for i in range(steps):
a = i * inv
out_buf.append(fmt_row(
t1 + i * step,
o1 + do * a,
h1 + dh * a,
l1 + dl * a,
c1 + dc * a,
v1 + dv * a
))
out_rows += steps
prev = cur
processed += 1
# прогресс
if processed % 100_000 == 0:
now = time.time()
if now - last_report >= 0.5:
pct = processed * 100.0 / total_lines
elapsed = now - start_time
speed = processed / elapsed if elapsed > 0 else 0
eta = (total_lines - processed) / speed if speed > 0 else 0
print(
f"\rprocessed: {processed:,} / {total_lines:,} "
f"({pct:5.1f}%) | "
f"out ~ {out_rows:,} | "
f"{speed:,.0f} rows/s | "
f"ETA {eta/60:5.1f} min",
end="",
file=sys.stderr,
flush=True,
)
last_report = now
# сброс буфера
if out_rows >= flush_every:
fout.write("".join(out_buf))
out_buf.clear()
out_rows = 0
# остатки
if out_buf:
fout.write("".join(out_buf))
# последнюю строку пишем как есть
t, o, h, l, c, v = prev
fout.write(fmt_row(t, o, h, l, c, v))
total_time = time.time() - start_time
print(
f"\nDone in {total_time/60:.1f} min",
file=sys.stderr
)
if __name__ == "__main__":
ap = argparse.ArgumentParser()
ap.add_argument("-i", "--input", required=True)
ap.add_argument("-o", "--output", required=True)
ap.add_argument("-s", "--step", type=int, default=10)
ap.add_argument("--flush-every", type=int, default=200_000)
args = ap.parse_args()
if args.step <= 0:
raise SystemExit("step must be > 0")
main(args.input, args.output, args.step, args.flush_every)